Sonic, Knuckles y Tails se reúnen para enfrentarse a un nuevo y poderoso adversario, Shadow, un misterioso villano cuyos poderes no se parecen a nada de lo que nuestros héroes han conocido hasta ahora. Con sus facultades superadas en todos los sentidos, el Equipo Sonic tendrá que establecer una insólita alianza con la esperanza de detener a Shadow y proteger el planeta.